Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира области является соисполнителем государственной программы «Охрана окружающей среды, воспроизводство и рациональное использование природных ресурсов на 2013 - 2020 годы». Как ответственный исполнитель Департамент реализует подпрограмму 3 «Охрана и развитие животного мира Вологодской области» и является соисполнителем подпрограммы 5 «Обеспечение реализации государственной программы».